绵阳市疾病预防控制中心关于致病菌识别网相关菌株全基因组测序及分析服务竞争性谈判采购公告第二次

根据我中心工作需要，拟委托一家基因组测序及分析机构向我中心提供致病菌识别网相关菌株全基因组测序及分析服务，特邀请符合本次要求的供应商参加本项目谈判。

一、服务内容及限价：

项目限价8万元；

二、技术要求：

1. 样品接收：我单位提供菌株样品，供应商负责样品运输，根据客户需求实时收取样品。 (略) 必须具备运输感染性物品的资质；运输过程中造成的损失、污染、生物危害相关等问题，后果均由供应商承担。运输费用由供应商承担。（提供承诺函原件，格式自拟）

2. 检测设备技术：

2.1测序读长：利用二代测序平台，平均测序读长为200~300bp，最长不可超过350bp；能完成双端150bp及以上测序。为确保测序数据的稳定性，供应商应使用固定型号的IlluminaNovaseq测序仪器进行测序。

2.2准确度：数据准确度需Q30（99.9%）>85%。

2.3覆盖度：碱基类型分布均匀，无GC分离；平均覆盖度 99.5%以上，单碱基错误率低于十万分之一。

3. 数据要求：

3.1交付数据包括原始数据（rawdata和cleandata，数据格式为fastq）和拼接后数据（数据格式为fasta）。

3.2采用IlluminaNovaseqPE150（双端测序，单向读长150bp）测序。

3.3原始数据量（碱基数）≥1.5G，Q20高质量数据量（Clean data）≥1G，碱基数据质量值Q30比例≥85%。

3.4覆盖度：碱基类型分布均匀，无GC分离；基因组10×覆盖度≥95%，基因区覆盖度≥98%，平均覆盖深度≥100×。

3.5拼接后SCAFFOLD数量<100个，Contig数量<200个。

3.6下机数据能满足上传国家网络需求。

4. 质控要求：

4.1每批样品收到后立即开始质量检测，使用Agilent、Qubit或NanoDrop进行样品浓度检测，电泳方法进行样品完整性检测，自样品收到之日起，于3日内提供样品质量检测报告。

4.2样品质量检测结果：浓度不低于5ng/ul、总量不低于100ng，无严重RNA污染、无明显降解的样品，均为合格样品，非特殊情况，不得要求重新送样。

4.3文库长度250~350bp，构建好的文库使用Agilent和Qubit进行质量和产量的检测。

4.4下机数据的质控：正常PF比例：DNA ≥85% ； Q20≥95% ；小片段文库clean data占raw data的80%-90%。

5. 下机数据的交付及保存：收到每批样品后按照合同要求时间（收到样品后15个工作日内。如采购方有特殊需求，双方协商确定）交付相应结果。下机数据需能同时提供移动硬盘和网络下载的方式进行交付，网络下载方式数据下载期限不低于30天。测序下机后的原始数据服务商需保存一年。

6. 样品质量检测合格，测序结果不合格的样品，服务商需免费加测直至成功。

7. 交付数据内容（其中7.1为通用要求；7.2和7.3为分析服务参数，仅当我单位提出需求时交付）：

7.1细菌全基因组测序及组装：包括原始数据（rawdata和cleandata，数据格式为fastq）、拼接后数据（数据格式为fasta），下机数据能满足上传国家致病菌识别网平台要求。

7.2细菌全基因组框架图测序及分析：包括原始数据（rawdata和cleandata，数据格式为fastq）、拼接后数据（数据格式为fasta）、基因组分分析数据（至少包括基因元件预测、CRISPR预测等）、基因功能注释数据（至少包括NR库比对注释、COG注释、GO功能分类注释、KOG功能分类注释、KEGG功能分类注释、Swiss-Prot、PFAM、碳水化合物活性酶注释、毒力基因注释、耐药基因注释、病原宿主互作用数据库注释、跨膜蛋白分析、信号胎蛋白预测、蛋白亚细胞定位等）。

7.3耐药菌完成图测序及分析：应包括框架图分析的所有数据，此外，还应包括基因组圈图展示、基因组岛预测、耐药质粒图谱绘制、BUSCO直系同源基因评估、前噬菌体预测、比较基因组分析（基于16S rRNA的系统发育树、同源基因分析、泛基因组分析、基于同源基因的系统发育树、同源基因Cluster的功能）等。

三、响应文件需提供材料

1.具有独立承担民事责任的能力；

2.具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度，有依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录（可提供承诺书）

3.具有履行合同所必需的设备和专业技术能力(提供相关设备、人员情况或承诺书）；

4.参加本次采购活动前三年内，在经营活动中没有重大违法违规记录；(提供承诺书）

5.本次招标不接受联合体投标，且不允许分包或转包。

6.法律、行政法规规定的其他条件。

7.报价单。（本采购项目采取竞争性谈判方式，报名资料中需递交报价单，报价单格式参照服务内容表。满足相关服务条件及技术要求的供应商将于现场进行二次报价，二次报价最低报价供应商作为本项目的成交供应商）

报名供应商如提供虚假承诺或证明，一经发现，将取消其投标资格或中标资格。

四、商务要求

1.服务时间：2024年6月底前完成本次测序分析服务。

2.履约、验收要求与标准：参照政府采购相关法律法规以及《 (略) 财政局关于进一步做好政府采购项目履约验收工作的通知》(绵财采〔2021〕15号)的要求、成交供应商的响应文件及承诺以及合同约定标准进行验收。

3.款项支付方式：采购人依据实际完成测序和分析的菌株数量进行验收，验收合格后于30个工作日内一次性支付实际产生的服务费用。

4.安全保密要求（在响应文件出具相应承诺函，格式自拟）：

成交供应商应遵守国家法律法规，高度重视安全保密工作，成交供应商须与采购人签署保密协议，保密协议中应包含且不局限下述内容：

不透露采购人及采购人系统中的数据信息；

不得将采购方样本及其相关数据转交于第三方及境外组织等。

5.项目周期要求：

按照项目系统的设计要求，项目执行工作拟分为DNA质控、DNA文库构建、上机信息采集、数据处理等几个阶段，每批样品数据反馈不超过30天。执行单位应根据项目总体的进度安排，做好项目的进度计划、安排，在保证系统总体质量的前提下做好项目总体进度控制。

6．项目产权要求：

在本项目所产生的技术成果（测序序列等）的全部知识 (略) 疾病预防控制中心所有。项目结束时项目执行单位应提交项目执行的所有文档（包括文字资料和电子文件）。项目执行单 (略) 疾病预防控制中心许可，不得在本项目以外使用。

7.项目验收：

在总数据量达标的情况下(1G)，利用fastQC系统检查每个文库数据量不低于目标数据量的90%，平均Q20≥95% ，平均Q30≥85%。

五、报名材料递交时间

请各潜在供应商于2023年7月13日下午17：00前将报名材料密封完好并于封面加盖供应商鲜章，报名材料封面需备注供应商联系人及联系方式， (略) 疾病预防控制中心办公楼616室（ (略) 高新区绵兴东路50号）

报名资料递交联系人：苏老师 *

项目咨询联系人：王老师 *