南荻自然群体基于SLAF简化测序技术的GWAS分析招标公告



 
    (略) (略) 拟采购SLAF简化测序技术对南荻 (略) GWAS分析，使用单位申请采用单一来源方式采购，现予以公示。
一、  项目名称：
(略) 南荻自然群体基于SLAF简化测序技术的GWAS分析
二、  采购要求：
投标人资格要求：
1、  投标人应符合《中华人民共和国政府采购法》第二十二条的规定；
2、  投标人应具有 (略) 企业认证资质；
3、  投标人应具有独立的高通量测序平台、实验平台以及能够对生物 (略) 存储、处理和后续分析的平台；
4、  投标人应具有简化基因组测序技术及相关从业经验；
5、  投标人应具有全基因组关联分析（GWAS）和QTL定位的技术能力及相关从业经验。
服务项目的内容标准：
1、  对 (略) 简化基因 (略) 全基因组分子标记开发，标签总数不低于20万个；
2、  需完成的生物信息学分析： (略) 多态性分析、筛选与重要农艺性状紧密关联的候选区域、进行遗传组分和结构分析、不同种质间的亲缘和进化分析，全基因组关联分析，并与参 (略) 比对，并对 (略) 基因注释和相应的富集分析，挖掘与性状相关的QTL位点；
3、  标签整体平均测序深度不低于  6  X，数据质量保证Q30达到80%；
4、  原始SNP完整性达到60%，数目不低于20万。
 
三、  单一来源采购方式的原因及说明
SLAF-seq是一套简化基因组测序技术。SLAF技术具有有效reads长、通量高、方案设计灵活等特点。我们对其他的简化基因组测序技术做了调研，目前比较常见的有RAD技术、GBS技术和ddRAD技术。总体来说：
1、RAD技术的优势是随机端可以组装，但是在相同数据量下，SLAF技术开发的标记完整度更高、插入片段更均匀、开发的SNP标记更多；
2、GBS技术采用PCR扩增选择片段大小，成本较低，但当GBS技术测序数据达200Mb时，数据的利用率只有30%-40%，且开发的标记完整度较低；
3、ddRAD技术在双酶切后只选择两端为不同的酶切残基的片段测序，在相同的测序深度下覆盖度较低。
SLAF技术有效基因组读长为2 x 125 bp，并可一次开发高达10万个标签，获取全基因组范围内最完整的变异图像（SNPs、InDels），这对我们的全基因组关联分析很重要。基于上述考虑，故申请单一来源方式采购。
四、拟定唯一供应商名称、电话
供应商： (略) 百 (略)
供应商邮箱： * iomarker.com.cn
(略) 址：www.biomarker.com.cn
电话： *** 、 ***
五、公示期： * 日- * 日
如有其他潜在供应商对本项目采用单一来源方式采购有异议，应在公示期内以书面形式（写明联系人、地址、联系方式并加盖单位公章）将意见 (略) 采购与 (略) 。
 
 
 
项目主办人：陈老师   电话：  ***         传真： ***
项目技术负责人：胡中立 电话： *** 、 ***
地址： (略) 省 (略) 市 (略) 区八一路 (略) (略) 采购与 (略)
邮编： ***
 

              
 
  (略) 采购与 (略)
                                        * 日